lvpp/sigma

# LVPP sigma-profile 数据库 [](https://doi.org/10.5281/zenodo.3613785) [](https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c01368) 这是用于基于 COSMO 模型的 LVPP sigma-profile 数据库。目前包含： - 超过 **2500 种分子**的可直接使用的 COSMO 表面电荷密度。 - 针对不同变体的 [**COSMO-SAC 参数化**](./pars/)。 - [**优化的气相几何结构**](./geometry/)。 在最新版本中，COSMO 表面电荷密度是使用 [NWChem](https://nwchemgit.github.io/) 计算的。 以前的版本使用的是 [GAMESS](http://www.msg.ameslab.gov/gamess/) 和 [MOPAC](http://openmopac.net/)。 您仍然需要 [JCOSMO](https://www.ufrgs.br/lvpp/download/jcosmo/) 或其他软件，以便使用 COSMO-RS 或 COSMO-SAC 等模型实际计算活度系数或其他性质。 ## 引用 恳请您按以下格式引用本工作： * “[LVPP sigma-profile database](https://doi.org/10.5281/zenodo.3613785)”, DOI:10.5281/zenodo.3613785 * “[Recent Improvements to the NWChem COSMO Module](https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c01368)”, R. de P. Soares, D. Mejía-Rodriguez, 和 E. Aprà (2025), J Chem. Theory and Comput. * “[An open and extensible sigma-profile database for COSMO-based models](https://doi.org/10.1002/aic.16194)”, F. Ferrarini, G. B. Flores, A. R. Muniz, 和 R. de P. Soares (2018), AIChE J. ## 使用 *已处理的* 数据库以 ZIP 文件的形式提供，请查看 [releases](http://github.com/lvpp/sigma/releases)。 只需下载其中一个发布文件，解压并查找您需要的分子即可。 [JCOSMO](https://www.ufrgs.br/lvpp/download/jcosmo/) 可用于查看 3D 表观表面电荷密度、sigma-profiles、相平衡计算等。 ## 扩展数据库 有多种方法可以扩展该数据库。 ### 请求 LVPP 添加新分子 只需创建一个 [新 issue](https://github.com/lvpp/sigma/issues) 并描述您需要但缺失的分子。 如果可能，请为您要添加的每个分子附上一个 **3D mol** 文件。 我们处理您的请求可能需要一段时间。 ### 处理您自己的分子 如果您不想等待我们处理您的分子（或者您不想让我们处理）， 您可以**处理**您自己的分子。 只需**克隆**或[下载](https://github.com/lvpp/sigma/archive/master.zip)此仓库，然后 请查看 [cosmo 文件夹](cosmo) 获取有关如何处理您自己分子的说明。 我们的说明适用于 Ubuntu Linux 24.04 或更高版本。它们也应该能在其他类似的系统上运行。 ## 许可证 LVPP sigma-profile 数据库以及本仓库中分发的所有文档均在 [MIT License](https://github.com/lvpp/sigma/blob/master/LICENSE) 条款下分发。

标签：COSMO-RS, COSMO-SAC, COSMO模型, GAMESS, JCOSMO, MOPAC, NWChem, Sigma-Profile, 分子数据库, 分子模拟, 化学信息学, 开源数据, 气相几何构型, 活度系数, 热力学, 相平衡计算, 科学数据库, 表面电荷密度, 计算化学, 量子化学